历史文献学学科建立于五十年代。依托该学科，1983年建立了吉林大学古籍研究所，研究所设立古文字学、先秦秦汉魏晋南北朝文献和中古历史文献三个研究室。东北古代历史文献研究保留在历史系，组建为东北地方史研究室。

主要研究方向：
1、古文字研究方向。学术带头人：吴振武教授。主要从事甲骨、金文、战国文字的研究。代表著作和论文有：《珍秦斋藏印（战国篇）》、《赵六十年首相信平君铍考》、《赵武相君铍考》、《"杀"字的形、音、义》等。
2、先秦秦汉魏晋南北朝文献研究方向。学术带头人：张鹤泉教授。主要从事秦汉魏晋南北朝文献和历史的研究。代表著作和论文有：《周代祭祀研究》、《光武帝刘秀传》、《东汉宗族组织试探》、《北魏都督诸州军事制度试探》、《北魏征讨都督考略》等。
3、中古历史文献研究方向。学术带头人：丛文俊教授。主要从事中国古代书法文献和书法理论的研究。代表著作和论文有：《中国书法史（先秦、秦卷）》、《书法研究文集》、《弋射考》、《诗经"副笄六珈"古义钩沉》等；李无未教授主要从事中古语言文献研究。
4、东北古代地方文献研究方向。学术带头人：程妮娜教授。主要从事东北地方文献和东北古代史的研究。代表著作和论文有：《金代政治制度研究》、《东北史》、《金代勃极烈制度研究》、《金代监察制度探析》等。

历史文献学学科已形成老、中、青结合，结构合理的师资队伍。现有教授8人（其中博士生指导教师6人）、副教授8人、讲师4人、助教4人。绝大部分教师都有博士研究生学历。

近年来，历史文献学科发表论文三百余篇，出版学术著作六十余部，获省部级奖十二项。

历史文献学学科同国内外同行有着比较广泛的学术交流。近年来，出席国内、国际重要学术会议、应邀访学、合作研究者达六十余人次，举办学术会议三次，应邀来校讲学二十余人次。