吉林大学外科创建于1949年，抗美援朝期间国内许多著名外科专家曾在此工作，救治了大批中国人民志愿军伤员，也为外科建设奠定了良好基础。1954年与天津第一军医大学合校，外科的科研、医疗到得飞跃式发展。现有普通外科、骨科、神经外科、泌尿外科、手外科、胸外科、心脏外科和血管外科等8个三级学科。1978年起招收硕士研究生，1986年评为博士点，本世纪初建立博士后流动站。10多年来外科累计培养博士研究生130名、硕士研究生300余名。除担任每年约960余名学生，10余个班次的5、6、7年制医疗、预防、放射医学、口腔、儿科、妇幼、药学、高护、成人本科和专科等多层次教学外，尚负责吉林省各级医师的进修和继续教育。医疗上是吉林省外科最具权威的机构，现有病床1300张，每年收治外科病人近6万余名。

现有教师350名，其中教授67名、副教授95名，博士生导师24名，硕士生导师约100名。61.5%的教师具有硕士以上学位，其中具有博士学位的教师占教师总数的20%。有9名教师在中华医学会外科分会及各学组中担任常委和委员。

本学科主要研究方向有肝、肾、胰等器官移植临床与实验室研究；微创外科的应用；各系统、器官肿瘤基因治疗的研究；脑血管和周围血管疾病诊断和治疗；人工关节和组织工程骨新材料研究和开发；腕关节损伤于周围神经损伤再生的研究等。1978年至今已行肾移植1500余例，最长存活23年；1980年在东北率先开展原位肝脏移植；开展腹腔镜、泌尿外腔镜、脑内腔镜和关节镜医疗技术；人工关节和组织工程骨新材料研制在国内处于领先地位。

10年来，获国家级和省部级科研课题200余项。包括国家自然科学基金10项，卫生部和教育部课题25项，科研经费1500余万元；国际合作项目8项。获部级以上科研成果奖6项，省、市级成果奖47项；共发表论文805篇，其中发表在国际、国内核心期刊300余篇；主编和参编教材和专业图书90余部。

本学科与日本国东北大学医学部外科、加拿大拉瓦尔大学外科、新西兰大学医学部外科有着长期教学和科研合作项目。合作项目包括器官移植、甲状腺疾病、乳腺癌与肺肿瘤微转移早期诊断等，并由日本政府国际事业协力团资助建立了前列腺疾病防治中心。